微生物多樣性研究是指通過高通量測序等方法檢測樣本的微生物組成和豐度的方法。微生物多樣性測序，也稱擴(kuò)增子測序，是指利用合適的通用引物擴(kuò)增環(huán)境中微生物的16S rDNA/18S rDNA /ITS高變區(qū)或功能基因，通過高通量測序技術(shù)檢測PCR產(chǎn)物的序列變異和豐度信息，分析該環(huán)境下的微生物群落的多樣性和分布規(guī)律，以揭示環(huán)境樣品中眾多的微生物種類及它們之間的相對豐度和進(jìn)化關(guān)系。
項(xiàng)目流程：
土壤/污泥/沉積物/腐殖質(zhì)≥ 3g；
水體濾膜(孔徑 0.22-0.45μm/直徑 3-4cm)≥ 1張；
糞便/腸道內(nèi)容物 ≥ 0.5g(小鼠 3 粒)
瘤胃液/發(fā)酵液/組織液(離心有明顯沉淀) ≥ 1mL，沉淀0.5g
拭子 ≥ 3個(gè)
動(dòng)物/人組織 ≥ 1g
血漿 ≥ 1mL
鮮奶 ≥ 8mL
液氮或 -80℃保存；干冰運(yùn)輸
結(jié)果提供測試報(bào)告及原始數(shù)據(jù)，測試周期1個(gè)月左右，具體可聯(lián)系我們工作人員，部分結(jié)果展示如下
樣本聚類柱狀圖/OTU 及其分類學(xué)水平 heatmap 圖
1、16S相關(guān)文章中選擇的測序區(qū)域各不相同(如V4，V3-V4，V1-V3，V3等)，選擇的依據(jù)是什么，選擇哪個(gè)區(qū)域比較好？
不同物種不同區(qū)域多樣性不同，選擇不同區(qū)域測序結(jié)果會(huì)有不同，可能會(huì)造成物種多樣性的低估或高估。在非全長16S測序的情況下，測序區(qū)域也并非越長越好，跟全長16S結(jié)果z相近的測序區(qū)域即是z優(yōu)選擇。如無特殊要求，我們一般推薦V3-V4區(qū)測序，根據(jù)我們大量的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，目前測序項(xiàng)目較多的區(qū)域?yàn)閂4, V1-V3, V3-V4, V4-V5, V5-V6，具體項(xiàng)目測序區(qū)域也可參考相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行選擇。
2、若關(guān)注環(huán)境中的真核微生物多樣性，18S測序和ITS測序哪個(gè)更好?
ITS測序主要是針對真菌多樣性的研究，注釋準(zhǔn)確度高；18S測序針對的是真核微生物，注釋到的范圍廣，但是就真菌來說精確度相對較低；可根據(jù)研究目的合理選擇測序方案。
3、16S測序一般推薦多少樣本量？
16S樣本多樣性及組間差異分析是基于統(tǒng)計(jì)結(jié)果進(jìn)行的分析，一般樣本數(shù)越多，統(tǒng)計(jì)結(jié)果越準(zhǔn)確。z低樣本數(shù)要求如下：組間多樣性分析樣本（組別≥2，每組樣本數(shù)n≥3）
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儀器型號
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