生命活動(dòng)的根底是生物分子間以及生物分子與其它分子間的互相作用。分子互作目前分為三個(gè)大類：核酸與核酸互作、核酸與蛋白互作、蛋白與蛋白互作。

　　1、核酸與核酸互作

　　miRNA與mRNA結(jié)合調(diào)節(jié)體內(nèi)基因的表達(dá)，從而影響蛋白的表達(dá)、修飾、酶活性等生命活動(dòng)的進(jìn)行。lncRNA作為體內(nèi)的ceRNA與miRNA結(jié)合起到調(diào)節(jié)基因表達(dá)的作用。研究lncRNA與miRNA的相互作用對(duì)于研究生命具有重要的意義。

　　MS2-RIP以及高靈敏度的雙螢光素酶技術(shù)被廣泛應(yīng)用于lncRNA和miRNA互做的研究。

　　MS2-RIP技術(shù)，其原理是通過(guò)帶Protein G磁珠的GEP抗體將相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物拉下來(lái)，經(jīng)過(guò)分離純化后通過(guò)q-PCR驗(yàn)證或者測(cè)序?qū)Y(jié)合在復(fù)核物上的RNA進(jìn)行分析。

　　雙螢光素酶報(bào)告系統(tǒng)

　　雙螢光素酶報(bào)告基因通常是海腎熒光素酶為內(nèi)對(duì)照，使螢火蟲熒光素酶報(bào)告基因的檢測(cè)歸一化。其優(yōu)勢(shì)在于作歸一化可消除實(shí)驗(yàn)過(guò)程中減弱實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確度的變化，如培養(yǎng)細(xì)胞的數(shù)量、細(xì)胞轉(zhuǎn)染及裂解的效率等。

　　2、核酸-蛋白互作

　　相比核酸與核酸互作，核酸與蛋白互作更為常見。基因的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯、修飾等過(guò)程都離不開核酸和蛋白的互作。常用的研究方法：RNA pull down+質(zhì)譜(MS)、染色質(zhì)免疫共沉淀(chip)、凝膠遷移或電泳遷移率檢測(cè)(EMSA)、酵母單雜交(Yeast one-hybrid)、DNA pull down等。

　　RNA pull down

　　RNA pull down實(shí)驗(yàn)利用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA 探針，與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。此復(fù)合物可與鏈霉親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，之后與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過(guò)WB 實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA 結(jié)合蛋白是否與RNA 相互作用。若待檢測(cè)目的蛋白明確，選擇WB鑒定;若不明確，則可選擇質(zhì)譜鑒定。

　　DNA Pull down

　　DNA pull down實(shí)驗(yàn)是針對(duì)待研究目的基因的調(diào)控區(qū)域設(shè)計(jì)并制備特異性探針;同時(shí)制備細(xì)胞核提取物;將探針和核提取物共同孵育，DNA結(jié)合蛋白就會(huì)和靶向序列特異性結(jié)合;然后，通過(guò)親和素磁珠純化蛋白質(zhì)DNA復(fù)合物;最后針對(duì)獲得的蛋白，使用WB驗(yàn)證或者質(zhì)譜方式鑒定蛋白質(zhì)類型。